مرحوم علامه طهرانی در جلد اول معادشناسی مینویسد:
چندين نفر از رفقا و دوستان نجفى ما از يكى از بزرگان علمى و مدرّسين نجف اشرف نقل كردند كه او مى ‏گفت:

من درباره مرحوم استاد العلماء العاملين و قدوة أهل الحقّ و اليقين و السّيّد الاعظم و السّند الافخم و طود أسرار ربِّ العالمين آقاى حاج ميرزا على آقا قاضى طباطبائى رضوان الله عليه و مطالبى كه از ايشان أحياناً نقل مى ‏شد و احوالاتى كه بگوش مى ‏رسيد در شكّ بودم.
با خود مى‏ گفتم آيا اين مطالبى كه اينها دارند درست است يا نه؟
اين شاگردانى كه تربيت مى ‏كنند و داراى چنين و چنان از حالات و ملكات و كمالاتى ميگردند راست است يا تخيّل؟
مدّتها با خود در اين موضوع حديث نفس ميكردم و كسى هم از نيّت من خبرى نداشت. تا يكروز رفتم براى مسجد كوفه براى نماز و عبادت و بجاى آوردن بعضى از اعمالى كه براى آن مسجد وارد شده است.
مرحوم قاضى رضوان الله عليه به مسجد كوفه زياد ميرفتند، و براى عبادت در آنجا حجره خاصّى داشتند، و زياد به اين مسجد و مسجد سهله علاقمند بودند، و بسيارى از شبها را به عبادت و بيدارى در آنها به روز مى ‏آوردند.
مى گويد: در بيرون مسجد به مرحوم قاضى رحمة الله عليه برخورد كردم و سلام كرديم و احوالپرسى از يكديگر نموديم و قدرى با يكدگر سخن گفتيم تا رسيديم پشت مسجد، در اينحال در پاى آن ديوارهاى بلندى كه ديوارهاى مسجد را تشكيل مى‏ دهد در طرف قبله در خارج مسجد در بيابان هر دو با هم روى زمين نشستيم تا قدرى رفع خستگى كرده و سپس به مسجد برويم.

با هم گرم صحبت شديم، و مرحوم قاضى رحمة الله عليه از اسرار و آيات الهيّه براى ما داستانها بيان ميفرمود و از مقام اجلال و عظمت توحيد و قدم گذاردن در اين راه، و در اينكه يگانه هدف خلقت انسان است مطالبى را بيان مى ‏نمود و شواهدى اقامه مى ‏نمود.
من در دل خود با خود حديث نفس كرده و گفتم: كه واقعاً ما در شكّ و شبهه هستيم و نمى ‏دانيم چه خبر است؟ اگر عمر ما به همين منوال بگذرد واى بر ما؛ اگر حقيقتى باشد و به ما نرسد واى بر ما! و از طرفى هم نمى ‏دانيم كه واقعاً راست است تا دنبال كنيم.
در اينحال مار بزرگى از سوراخ بيرون آمد و در جلوى ما خزيده به موازات ديوار مسجد حركت كرد. چون در آن نواحى مار بسيار است و غالباً مردم آنها را مى ‏بينند ولى تا بحال شنيده نشده است كه كسى را گزيده باشند.
همينكه مار در مقابل ما رسيد و من فى الجمله وحشتى كردم، مرحوم قاضى رحمة الله عليه اشاره ‏اى به مار كرده و فرمود: مُتْ بِإذْنِ اللَهِ! «بمير به اذن خدا!» مار فوراً در جاى خود خشك شد.
مرحوم قاضى رضوان الله عليه بدون آنكه اعتنائى كند شروع كرد به دنباله صحبت كه با هم داشتيم، و سپس برخاستيم رفتيم داخل مسجد؛ مرحوم قاضى اوّل دو ركعت نماز در ميان مسجد گذارده و پس از آن به حجره خود رفتند. و من هم مقدارى از اعمال مسجد را بجاى مى ‏آوردم، و در نظر داشتم كه بعد از بجا آوردن آن اعمال به نجف اشرف مراجعت كنم.
در بين اعمال ناگاه بخاطرم گذشت كه آيا اين كارى كه اين مرد كرد واقعيّت داشت يا چشم ‏بندى بود مانند سحرى كه ساحران مى‏ كنند؟ خوب است بروم ببينم مار مرده است يا زنده شده و فرار كرده است؟!
اين خاطره سخت به من فشار مى ‏آورد تا اعمالى كه در نظر داشتم به اتمام رسانيدم، و فوراً آمدم بيرون مسجد در همان محلّى كه با مرحوم قاضى رضوان الله عليه نشسته بوديم، ديدم مار خشك شده و بروى زمين افتاده است؛ پا زدم به آن ديدم ابداً حركتى ندارد.
بسيار منقلب و شرمنده شدم برگشتم به مسجد كه چند ركعتى ديگر نماز گزارم، نتوانستم؛ و اين فكر مرا گرفته بود كه واقعاً اگر اين مسائل حقّ است، پس چرا ما ابداً بدانها توجّهى نداريم.
مرحوم قاضى رحمة الله عليه مدّتى در حجره خود بود و به عبادت مشغول، بعد كه بيرون آمد و از مسجد خارج شد براى نجف، من نيز خارج شدم. درِ مسجد كوفه باز به هم برخورد كرديم، آن مرحوم لبخندى بمن زده و فرمود: «خوب آقا جان! امتحان هم كردى، امتحان هم كردى؟»