علامه طهرانی رحمة الله علیه در کتاب روح مجرد مینویسند:
در حوزه‏ هاى علميّه شيعه و معتزله، بحث حكمت و فلسفه دارج و رائج بود؛ به خلاف أشاعره كه بحث در مطالب عقليّه نمى ‏كردند. فلهذا متكلّمين شيعه در طىّ بيش از هزار سال هميشه مظفّر و پيروز بوده‏ اند و علماء و فقهائى را همچون هِشام بن حَكَم و سيّد مرتضى و شيخ مفيد و خواجه نصير الدّين طوسى و علّامه حلّى و ميرداماد و ملّا صدراى شيرازى و قاضى نور الله شوشترى و اخيراً سيّد مهدى بحرالعلوم و آخوند ملّا محمّد كاظم خراسانى و حاج ميرزا محمّد حسن آشتيانى و فرزندش حاج ميرزا احمد آشتيانى و حاج ميرزا مهدى آشتيانى و آخوند ملّا حسينقلى همدانى و آقاى آقا سيّد احمد كربلائى طهرانى و حاج ميرزا محمّد حسين نائينى و حاج شيخ محمّد حسين آل كاشف الغطاء و حاج شيخ محمّد حسين اصفهانى كمپانى و حاج ملّا مهدى نراقى و حاج ميرزا محمّد حسن شيرازى و آقا شيخ محمّد باقر اصطهباناتى و آقا شيخ احمد شيرازى و حاج ميرزا فتح الله مشهور به شيخ الشّريعه اصفهانى و حاج سيّد احمد خونسارى و حاج شيخ محمّد على شاه آبادى و شاگرد مبرّزش رهبر كبير فقيد انقلاب اسلامى آية الله حاج آقا روح الله خمينى و حاج ميرزا ابو الحسن رفيعى قزوينى و آقا سيّد حسين بادكوبه ‏اى و شاگردانش استادنا الاكرم علّامه طباطبائى و برادرشان حاج سيّد محمّد حسن الهى تبريزى و غيرهم ممّا لا يمكن حَصرُهم و عَدُّهم بيرون داده ‏اند؛ و پاسدار و حافظ دين و قرآن و شريعت سيّد المرسلين و ائمّه طاهرين بوده ‏اند. روى اين اساس، بحث تفسيرى قرآن كريم و تدريس حكمت و فلسفه و علوم عقليّه و حوزه ‏هاى عرفان و اخلاق از لوازم لا تنفكّ اين حوزه‏ هاى فقهيّه به شمار مى ‏آمد.

شبى مرحوم آية الله آقا سيّد عبد الهادى شيرازى در مجلس خلوت تأسّف ميخورد كه: چون من براى تحصيل وارد نجف اشرف شدم، دوازده حوزه رسمى تدريس اخلاق و عرفان وجود داشت؛ و الان يكى هم وجود ندارد.
بارى اين حوزه ‏ها گرم ابحاث قرآنى و تفسيرى و اخلاقى و عرفانى و حكمى و فلسفى بودند درست تا انقلاب مشروطيّت؛ در اينحال استعمار كافر سعى كرد تا اوّلًا نجف را از پايگاه علمى و فقهى بودن بيندازد و حوزه ‏ها را متفرّقاً به جاهاى ديگر نقل دهد. و ثانياً تدريس قرآن و تفسير و علوم عقليّه و فلسفيّه را از حوزه‏ هاى شيعه براندازد تا علماى آنان را همچون اشاعره از عامّه و أخباريّون و حشويّون ظاهرگرا و بدون مغز و محتوا بنمايد، تا در برابر آنان كسى نايستد و قيام نكند و قدرت بحث و تفكير و مسائل عقليّه و علميّه در حوزه‏ ها پائين آيد. و با نقشه ‏ها و دسيسه ‏هاى مزوّرانه فائق شد؛ تا امروزه در نجف اشرف بحث تفسير و قرآن و حكمت و فلسفه و عرفان بكلّى از بيخ ريشه كن شده است و علماى أعلام و فضلاى عظام تدريس آنها را مايه پستى و حقارت ميدانند و ننگ تلقّى مى‏ كنند.
مرحوم آية الله شيخ مرتضى مطهّرى از قول حضرت آية الله حاج سيّد رضى شيرازى دامت بركاته براى حقير نقل نمود كه: در يكى از سفرهاى اخير به عتبات عاليات به يكى از مراجع عظام مشهور و معروف گفتم: چرا شما درس تفسير را در حوزه شروع نمى ‏كنيد؟! گفت: با موقعيّت و وضعيّت فعلى ما امكان ندارد. من گفتم: چرا براى علّامه طباطبائى امكان داشت كه در حوزه علميّه قم آنرا رسمى نمود؟! گفت: او تَضْحيَه كرد. (خود را فدا نمود.)
اين مطلب را در اينجا آوردم تا همه بدانند: پايه و اساس مكتب تشيّع بر تضحيه است و علماء عظام و فضلاى فخام بايد پيشگام در اين تضحيه باشند، و گرنه حوزه ‏هاى ما چه فرق ميكند با حوزه ‏هاى عامّه از حنابله و شافعيّه و مالكيّه و أحناف كه بدون اتّكاءِ به ولايت، خود را سرگرم به ابحاث و مسائلى نموده‏ اند!